La CLE porte un intérêt particulier à la préservation des zones humides. Pour assurer leur sauvegarde, elle a demandé à chaque commune du SAGE de les inventorier en répertoriant leur fonctionnalité et leur intérêt écologique.
La CLE pourra, à partir des informations recueillies, déterminer quelles zones présentent des intérêts pour la bonne gestion de l'eau et proposer des plans de gestion aux propriétaires afin de maintenir ces milieux.